Mākslas skolas pirmsākumi meklējami 1991.gadā, kad Ludzas rajona Tautas deputātu padome 18.aprīlī pieņēma lēmumu par Ludzas mākslas skolas dibināšanu, deleģējot Latgales dzejniekam, māksliniekam, kultūras darbiniekam A.Kūkojam veikt direktora pienākumus.
Ludzas bērnu mākslas skolai tika piešķirta ēka Stacijas ielā 20/15, kas pēc īstenotā remonta 1991.gada 11.septembrī uzņēma izglītošanai savus pirmos 130 audzēkņus, kurus mākslas pasaulē vadīja skolotāji: Inta Terentjeva, Haralds Urtāns, Vinsents Kūkojs, Oļegs Ježkovs, Ināra Mikažāne, Ausma Probuka, Ingrīda Tukāne.
Tajā pat gadā tika atvērta Ludzas mākslas skolas filiāle Nautrēnu pagastā Rogovkā. 1994.gada ar Ciblas pagasta tautas deputātu padomes lēmumu tika atvērta filiāle Ciblā. Tā paša gada jūnijā skolu absolvēja pirmie 11 audzēkņi. 1996.gadā ar Ludzas pilsētas domes lēmumu skola tika nosaukta profesora, mākslinieka, Ludzas pilsētas goda pilsoņa Jura Soikāna vārdā.
Mākslas skolas filiāle Kārsavā pastāvēja no 1997.gada 24.aprīļa līdz 2000.gada 31.augustam, kad tā tika pievienota Kārsavas mūzikas skolai. Mākslas skolas darbības kvalitātes vērtējums veiksmīgi tika īstenots 1998.gadā un 2004.gadā. 17 gadu pastāvēšanas laikā skolu ir absolvējuši 328 audzēkņi un 2008.gads skolai ir bijis nozīmīgs ar to, ka skolā svinēja savu 15. izlaidumu.
J.Soikāna Ludzas mākslas skola ir Ludzas pilsētas domes dibināta profesionālās ievirzes izglītības iestāde, kas īsteno profesionālās ievirzes un interešu izglītības programmas.